Niektóre z nich występują stosunkowo często, inne natomiast są dosyć rzadkie. Niektóre dotyczą jednego typu komórki lub białka w układzie odpornościowym, inne mogą dotyczyć jednego lub więcej elementów układu odpornościowego.
Choć postacie PNO mogą różnić się pomiędzy sobą na wiele sposobów, mają jedną ważną wspólną cechę. Wszystkie są wynikiem defektu jednego lub większej liczby elementów bądź funkcji normalnego układu odpornościowego, takich jak:
limfocyty T
limfocyty B
komórki NK
neutrofile
monocyty
przeciwciała
cytokiny
układ dopełniacza
Wiele z nich to choroby dziedziczne, które mogą występować rodzinnie, takie jak agammaglobulinemia sprzężona z chromosomem X (z ang. XLA – X-linked agammaglobulinemia) lub cieżki złożony niedobór odorności (z ang. SCID – Severe combined immunodeficiency). Inne pierwotne niedobory odporności, takie jak pospolity zmienny niedobór odporności (z ang. CVID – Common variable immunodeficiency) i selektywny niedobór IgA. Nie dla wszystkich PNO poznano jednoznaczny lub przewidywalny sposób dziedziczenia. Uważa się, że w ich rozwoju mogą odgrywać rolę interakcje pomiędzy czynnikami genetycznymi i środowiskowymi.
Ponieważ najważniejszą funkcją układu odpornościowego jest ochrona przed zakażeniami, u osób z PNO występuje zwiększona podatność na zakażenia.
Mogą to być zbyt częste zakażenia, infekcje trudne do wyleczenia, zakażenia o nietypowo ciężkim przebiegu lub zakażenia wywołane przez nietypowe drobnoustroje. Zakażenia mogą występować w dowolnym miejscu organizmu. Częstym miejscem ich występowania są drogi oddechowe: zatoki (zapalenie zatok), oskrzela (zapalenie oskrzeli), płuca (zapalenie płuc) lub przewód pokarmowy (biegunka zakaźna).
Inną funkcją układu odpornościowego jest rozróżnianie zdrowej tkanki („własna”) od materiału obcego („inny niż własny”).
Przykładem materiału obcego mogą być drobnoustroje, pyłki lub nawet nerka przeszczepiona od innej osoby.